Waren de Fransen in 1794 welkom, zo'n twintig jaar later was dat wel anders. Daarom werd rond de jaarwisseling 1813/1814 de komst van Pruisische troepen erg op prijs gesteld: deze zouden de Fransen wel verjagen.

Maar ook in Den Bosch zelf was Willem Hubert actief. In de nacht van 10 op 11 januari liet hij met enige medestanders overal in de stad publikaties aanplakken, waarvan de aanhef luidde: „Verdrukte Stadgenooten! Van alle kanten vergruisd en vervolgd, gedwongen uwen laatste penning op te brengen, blijft gij nog moedeloos en zoudt gij niet eenen enkelen stap wagen om u dit juk van den hals te werpen?”. De Bossche politie kon de schrijvers en verspreiders niet achterhalen.

Willem Hubert had in die maand contacten met de Duitse troepen die rond de stad lagen. Von Hobe, de Duitse legeraanvoerder, was niet alleen via Hubert, Carel Westenburger en de schipper Adrianus van Hoften op de hoogte van wat in de stad gebeurde, maar een van zijn informanten was Jan van Boelen. Van Boelen, in 1814 veldwachter in Vught, had vroeger naar Den Bosch gesmokkeld, en was op die manier op de hoogte van heimelijke toegangswegen in de vesting.

Op 26 januari 1814 vielen de Pruisen aan; de Bossche 'samenzweerders' hielpen hen vanuit de stad. De Fransen trokken zich terug op de Citadel en kapituleerden nog dezelfde middag.

Na de val van de stad bleef Willem Hubert nog actief. Zo overhandigde hij aan koning Willem I namens 240 Bosschenaren op 20 februari 1814, toen de vorst in De Gouden Leeuw logeerde, een petitie, met onder meer de zin: „laat ons zorgen dat de Vorst, die ons zal regeren, kunnen zeggen, ook deezen stroomt nog Hollands bloed door de aderen”.

Willem Hubert overleed op 3 april 1820 op zijn landgoed Langenhuizen in Rosmalen. In de Graafsewijk is naar Willem Hubert en enkelen anderen die een hoofdrol vervulden in januari 1814 een straat genoemd.